水晶本身有一定的記憶力，她會吸收開采和加工者一些不好的運氣或是別的，所以新買的水晶要用專業的方法消磁。水晶戴久了，或是使用水晶療法，容易吸引負性能量，所以也要做水晶的凈化，也有人稱水晶消磁，可以幫助水晶恢復原來的磁場。一般來講凈化時間約1個月一次就可以了，但是如果是用來治病的話，每星期就要凈化一次。還有，當水晶摸起來有粘膩感，就記得要趕快凈化了。浸泡法：將水晶浸泡在礦物質水里二十四小時，自然晾干再戴。此法為最簡單方便且穩妥的消磁方法。將水晶放在水晶簇(或者紫晶洞)上，讓晶簇(晶洞)發出生生不息的振動能量，清除水晶內負能量及為它重新充電，效果也非常大。陽光紫外光清洗法：把水晶礦石放在窗臺邊、陽臺上，利用陽光直接照射。最好在早上到中午前左右的陽光是最適當，約2小時較適宜，如果不小心超過時間也沒關系，但是一定要在日落前收回來。有些受熱會褪色的寶石，如粉晶、紫水晶，或某些特別鮮艷卻不穩定的顏色，如翠玉、紅寶、紅色電氣石、綠寶石、橙色方解石、粉紅色的芙蓉晶等等，則最好不要使用陽光清潔法。還有，水晶球的球體會將陽光聚焦，形成高溫、高熱，底下若鋪有紙、布、木板等易燃品，恐怕很快會燒起來，造成危險。所以，水晶球在以日光照射法消磁時，要特別小心，最好就換用其他方法來消磁。月光凈化法：在滿月時將水晶在月光下晾曬，利用日、月之陰陽離子消磁法最好，既可消磁，又可增強水晶能量。海鹽消磁法：將水晶放在玻璃器皿中，蓋以海鹽(而非精鹽、食鹽，更非浴鹽，海鹽才是純天然)二十四小時后，將水晶沖洗干凈，放置陰涼處三、四小時，讓它回復生命力，這清潔原理是海鹽本身有吸納雜質、清潔的功用。此法對于有金屬或繩子的水晶來說，要少用，因為鹽會侵蝕金屬或繩子。埋入土中：可以利用干凈不會有污水流過的泥土，埋入約3-10天，因為土壤是具有生育的強力能力，而可以奪取毒素，并吹入巨大的能量；如果擔心臟掉，可用植物纖維的布料予以包扎，再埋入土里。埋入雪中：只要是干凈的雪，在大自然中的雨、雪、光、溪水等等，都可以讓水晶凈化。天然水晶六角晶柱凈化：六角晶柱他的尖端部份氣場特別強，可以使用四根六角晶柱來作凈化，也屬于很有效的凈化方式之一。首先，將四根六角晶柱的尖端朝內擺，四根分別擺飾方位，分別如東西南北這樣的擺置，中間的位置則放置要凈化的水晶，如此擺置一晚就可以了。植物精油共振：采用與該水晶可以共振的植物精油，利用薰香瓶加熱精油熏蒸(把水晶至于薰香瓶鏤空蓋上方2厘米左右處)水晶1小時，這是非常好的重新賦予寶石能量的方法。注意事項：凈化水晶的過程，雖然海鹽效果奇佳，但正負能量一并消磁，海鹽凈化除必要性外盡量少用。比如用黑曜巖帶右手常用來吸收身體排出的負能量、吸收病氣，則用海鹽凈化比較合適；左手帶黃水晶用來求財，則不該用海鹽凈化。生病或情緒不佳時，會傳遞不佳的頻率在水晶上，如果可以，最好暫時不戴水晶，當情緒好轉或身體健康時趕快把水晶凈化，免得較多的負能量與身體有過久的共振。雖然有凈化過，往家里某個位置一放，就經年累月不管了，常看到水晶上沾滿了灰塵，甚而蜘蛛網，這中間若有過不愉快、吵架，保證頻率會被水晶吸收且放大轉換輸出，本來偶爾吵架，買了水晶之后，變成常吵架，本來是應該善用水晶來改善家庭頻率，水晶卻變成負面的影響力，所以要每一個多月就凈化一次。